Rozšířený senát Nejvyššího správního soudu (dále jen „NSS“) v nedávném rozsudku 1 Afs 231/2022-44 řešil otázku procesních dopadů uplynutí prekluzivní lhůty ke stanovení daně. Tato lhůta obecně činí 10 let od termínu pro podání řádného daňového tvrzení. Pokud správce daně zahájí kontrolní postup a nepodaří se mu jej ve stanovené lhůtě dokončit, na kontrolní postup se hledí, jako kdyby nebyl vůbec zahájen.

NSS také potvrdil, že pokud je v posledních 12 měsících před uplynutím prekluzivní lhůty podáno dodatečné daňové přiznání na nižší daň, lhůta pro stanovení daně se prodlouží o jeden rok. V této roční lhůtě mohou daňové orgány provádět kontroly, které se ale nemusí omezovat pouze na důvody, které vedly k podání dodatečného daňového přiznání. V rámci těchto řízení nemůže být výsledná daň stanovená na základě podaného dodatečného daňového přiznání vyšší než poslední známá daň. Rozhodnutí NSS je v této otázce velmi překvapivé, jelikož pro vybrané situace prodlužuje lhůtu pro vyměření daně nad desetiletou hranici.

Popis případu

V projednávaném sporu společnost vykázala nadměrné odpočty DPH, které vyvolaly pochybnosti správce daně. Ten proto zahájil postup k odstranění pochybností, který se postupně natolik protáhl, až došlo k uplynutí lhůty pro vyměření daně. Dle zákona se původně zamýšlené doměření daně ze strany správce daně stalo právně nemožným. Společnost požadovala vrácení vykázaných odpočtů DPH a úhradu úroku ze zadržovaného odpočtu.

Podstata rozsudku

NSS ve svém rozhodnutí potvrdil, že lhůta pro stanovení daně (tzv. prekluzivní lhůta) musí být respektována. Jakmile vyprší, nelze daň subjektu stanovit, změnit ani doměřit. Jestliže kontrola nebo postup k odstranění pochybností nejsou do té doby skončeny pravomocným rozhodnutím (platebním výměrem), hledí se na daňovou povinnost tak, jako by byla vyměřena původním tvrzením podaným daňovým subjektem.

NSS zároveň potvrdil, že daň je vždy vyměřována platebním výměrem, nikoliv konkludentně nebo fikcí. Pokud uplyne lhůta pro stanovení daně, správce daně musí vydat platební výměr k poslednímu dni této lhůty, a nikoliv až po jejím uplynutí.

NSS zdůraznil, že pokud se daňový subjekt chce domáhat náhrady újmy způsobené nevyměřením daně ze strany správce daně, měl by tak učinit v rámci civilního, nikoliv daňového řízení. Nárok na úroky ze zadržovaného daňového odpočtu samozřejmě zůstává zachován v rozsahu stanoveném zákonem.

NSS se zabýval i otázkou možnosti otevření kontrolního postupu u dodatečného daňového přiznání podaného na sklonku uplynutí prekluzivní lhůty. Poněkud překvapivě NSS uvedl, že pokud je v posledních 12 měsících před uplynutím prekluzivní lhůty podáno dodatečné daňové přiznání na daň nižší, má správce daně právo kontrolovat daňové povinnosti s tímto přiznáním související ještě ve lhůtě 1 roku po uplynutí prekluzivní lhůty (dochází tak fakticky k prodloužení prekluzivní lhůty o jeden rok). Správce daně pak může kontrolovat i jiné skutečnosti než ty, které vedly k podání dodatečného daňového přiznání. Zároveň však NSS uvedl, že správce daně v rámci kontrolního postupu dodatečného daňového přiznání na daň nižší podaného na sklonku lhůty pro doměření daně může daň vyměřit maximálně ve výši posledně známé daně (tj. daně před snížením deklarovaným v dodatečném daňovém přiznání).

Dopady pro praxi

• Daňové kontroly a lhůty: Rozsudek NSS zdůrazňuje, že finanční úřady musejí dokončit kontrolní postupy a vydat rozhodnutí před uplynutím prekluzivní lhůty. Pokud se kontrolní postupy protáhnou natolik, že lhůta pro stanovení daně vyprší, na kontrolní postup se hledí tak, jako kdyby nebyl vůbec zahájen.
• Důslednější dohled nad daňovým řízením: Plátci by měli pečlivě sledovat, kdy se blíží konec tříleté nebo prodloužené desetileté lhůty pro vyměření daně. V případě, že správce daně řízení nepřiměřeně protahuje a zadržuje subjektu nadměrný odpočet, má plátce nárok na úrok ze zadržovaného nadměrného odpočtu. V případě vzniku újmy v důsledku nevyměření daně se může plátce domáhat náhrady v rámci civilního řízení.
• Přiznání podaná v posledních 12 měsících před uplynutím prekluzivní lhůty: Rozsudek NSS přináší nový náhled na prodloužení prekluzivní lhůty o jeden rok v případě, kdy je podáno dodatečné daňové přiznání na daň nižší ve lhůtě 12 měsíců před uplynutím prekluzivní lhůty. V rámci kontroly tohoto přiznání však správce daně může vyměřit daň maximálně do výše již dříve tvrzené daně (tj. maximálně může zamítnout snížení daně vykázané v dodatečném daňovém přiznání).

V případě dotazů ke stanovení lhůt v daňovém řízení a možnosti získání úroku z nadměrného odpočtu nás neváhejte kontaktovat.